収益物件の売却でかかる税金とは？税金対策や確定申告までの流れも解説！

収益物件に関わらず、建物や土地などを売却する際は税金がかかります。
より多くの資金を手元に残すには、収益物件を売る前に節税方法を把握しておくことが大切です。
そこで今回は、収益物件の売却でかかる税金の種類や節税方法、売却から確定申告までの流れなどを解説します。
台東区で収益物件の売却をご検討中の方は、ぜひ参考になさってください。

収益物件の売却では3種類の税金がかかる

区分マンションやアパートなど収益物件を売却すると、次のような税金が発生します。

• 譲渡所得税
• 登録免許税
• 印紙税

それぞれの概要について順番に解説します。

譲渡所得税

譲渡所得税とは「住民税」と「所得税」の総称で、譲渡所得（売却益）に対して課税されます。
譲渡所得が生じているかどうかは、次の計算式で求められます。
譲渡所得＝売却代金－（取得費＋譲渡費用）
取得費とは不動産を購入した際に要した費用のことで、建物の建築代金や仲介手数料などが該当します。
譲渡費用は不動産を売却した際に要した費用を指し、仲介手数料や印紙税のほか、土地の測量費なども含まれます。
上記の計算式で求めた金額に税率をかければ税額がわかりますが、税率は不動産の所有期間によって異なるため注意が必要です。

• 所有期間が5年超え（長期譲渡所得）：税率 20.315％
• 所有期間が5年以下（短期譲渡所得）：税率 39.63％

たとえば、所有期間が5年超えの不動産を売却して1,000万円の利益が出た場合、税額は「1,000万円×20.315％＝約203万円」です。
譲渡所得税は売却益に対してかかる税金なので、利益が出なければ支払う必要はありません。

登録免許税

売却する物件にローンが残っている場合、ローンを全額返済して抵当権を抹消しなければなりません。
その手続きの際にかかるのが登録免許税で、税額は不動産1つにつき1,000円です。
仮にアパート1棟を売却する場合、土地と建物のそれぞれに課税されるため、税額は2,000円となります。
抵当権抹消の手続きを司法書士に依頼する場合は、登録免許税とは別に報酬として3万円ほど必要です。

印紙税

印税税とは特定の文書に対してかかる税金で、不動産取引では売買契約書に対して課税されます。
税額は契約金額によって異なり、令和6年3月31日までは軽減税率が適用されます。
軽減税率適用後の印紙税額は以下のとおりです。

• 500万円を超え1,000万円以下：5,000円
• 1,000万円を超え5,000万円以下：1万円
• 5,000万円を超え1億円以下：3万円

印紙税額は税法改正によって変動する可能性があるため、売買契約を結ぶ前に国税庁のホームページで確認しておくと安心です。

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収益物件を売却したときの税金対策

収益物件を売却する際に、要件を満たせば「事業用不動産の買換え特例」が利用できます。
この特例を利用すれば税負担を抑えられるため、概要や適用要件などを確認しておくことが大切です。
ここからは、事業用不動産の買換え特例の概要について、そのほかの税金対策とあわせて解説します。

事業用不動産の買換え特例とは

この特例は、一定期間内に買換資産を取得した場合に、譲渡所得にかかる税金の一部を繰り延べられるという制度です。
譲渡収入の20％、または譲渡収入のうち買換資産の価額の80％を超える部分にだけ課税される仕組みです。
以下の方法で算出した収入金額から、譲渡費用を差し引いて譲渡所得を計算するため、本来よりも税額が低くなります。

• 売却金額よりも買い換えた金額の方が高い：売却金額に20～30％をかけた額を収入金額とする
• 売却金額よりも買い換えた金額の方が低い：その差額と買い換えた金額に課税割合をかけた額との合計額を収入金額とする

税額が低くなった分は免除ではなく、買換え物件を売却するときまで繰延されるという仕組みです。
この特例を利用するには、「所有期間が10年超えの事業用不動産であること」などの要件があります。
ご自身が要件にあてはまるかどうか、事前に国税庁のホームページで確認しておくと良いでしょう。

そのほかの節税方法

特例を利用するほかにも、以下の方法で税金対策ができます。

• 青色申告を利用する
• 売買契約書を1通のみ作成する

個人ができる税金対策の1つに、確定申告を青色申告にする方法があります。
確定申告には白色申告と青色申告があり、白色申告の基礎控除は一律38万円です。
一方で青色申告は最大65万円まで控除ができるため、節税効果を高めたい方は青色申告をおすすめします。
また印紙税を節約するために、売買契約書を1通のみ作成する方法もあります。
不動産の売買契約書は、売主と買主それぞれが保管するために2通作成するケースがほとんどです。
しかし、売買契約書は必ずしも2通作成しなければならないなどのルールはありません。
売主と買主が同意すれば、1通のみ作成してあとはコピーで賄うことも可能です。
作成する契約書が1通で済めば印紙税も半額になるため、まずは買主と話し合ってみると良いでしょう。
また、印紙税が不要な「電子契約」を用いて不動産取引をおこない、印紙税を節約するという方法もあります。

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収益物件の売却から確定申告・税金を納付するまでの流れ

収益物件を売却して譲渡所得が生じたら、税金がかかるため確定申告が必要です。
ここからは、収益物件の売却から税金を納税するまでの流れを解説します。

売却から確定申告までの流れ

不動産を売却して確定申告の時期が近づくと、税務署から「譲渡所得がある場合の確定申告のお知らせ」が届きます。
売却益が生じていない場合は、利益が出ていないため申告しないと回答すれば問題ありません。
利益が生じている場合は、不動産売却をした翌年の2月16日から3月15日の間に確定申告が必要です。
期限内に申告できるよう、早めに以下の書類を集めて確定申告に備えておきましょう。

• 確定申告書
• 分離課税用の申告書（第三表）
• 譲渡所得の内訳書
• 不動産購入時と売却時の資料
• 不動産の登記簿謄本

申告書の記入を終え、添付書類も準備できたら税務署に提出します。
はじめての確定申告で不安な場合は、税理士に依頼することも検討しましょう。
費用はかかりますが、手続きのために休みを取ったり書類を作成したりする手間が省けます。

税金の納税方法

先述したように、売却益に対してかかる譲渡所得税は、住民税と所得税の総称です。
住民税と所得税では、納税のタイミングが異なるためご注意ください。
所得税は、申告期間と同じ2月16日から3月15日までの間に支払います。
基本は現金納付ですが、申告の際に振替納税の手続きをすれば、口座引き落としが可能です。
一方で住民税は、5〜6月頃に自治体から届く納付書を利用して納付します。
公務員やサラリーマンなど会社勤めの方は、毎月の給料から天引きする「特別徴収」を選ぶことも可能です。
所得税を支払ったタイミングで住民税も納めた気分にならないよう、それぞれで納付時期が異なることを覚えておきましょう。

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まとめ

収益物件を売却して譲渡所得が発生すると、譲渡所得税がかかります。
また抵当権抹消のための登録免許税や、売買契約書に貼る印紙税の支払いも必要です。
より多くの資金を確保するためにも、特例の適用や青色申告を利用するなどして節税につなげましょう。
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